公開鍵=錠前
秘密鍵=その錠をあけるための鍵
と考えたら案外すんなり理解できました。
秘密鍵は~/.sshのディレクトリに置くことで公開鍵認証ができるようになります。
puttyとWinSCPによる公開鍵認証設定の詳細はこのサイトがわかりやすいです。
http://www.nabe.bne.jp/linux/ssh.html
Puttyの場合、秘密鍵そのままの状態でローカルに移しても、Putty側で読み込めないのでPuttygenを使って、Putty側で読み込めるPPKファイルに変換してpagentで読み込むことで、.sshディレクトリに置いたのと同じ状態にできる。
また注意点であるが、SSHは非常にセキュリティに厳密なので権限をしっかり設定しないといざ公開鍵認証しようとしてもはじかれる。
chmod 700 ~/.ssh
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys
で.sshディレクトリの権限を指定する。