気になった点をいくつか。

問題点

HTTP経由で/html/**/*.htmlを読み込んだ時とpreloadDataに入るビルドしたhtmlのデータのビルド方式が違う
同じような理由でCoffeeScriptのビルド時に1.6.3のライブラリが混入していた事によって一部で動かないコードが生まれる問題が発生
Synthはバックエンドとフロントエンドを融合するとても素晴らしいツールだと思うが、jadeやejs等のビルドに関して共通のライブラリを通さないで表示するため、バージョンの差異による問題が発生しやすい

ejsが/html/**/*.htmlをHTTP経由でロードした時は正常に表示できるのに、preloadHTMLでサポートしていない問題はまもなく解決しそうです。

読み込む場所によってツールが違うカラクリ

localhost/html/index.htmlはharpJS経由(TerraformJSだったかもしれない)経由で表示される。その点に関してはSynthは一切関わらない構造になっている。
普通にAngularJSを使う限りではこれで問題は起きないはず。

しかし、preloadHTMLを読み込む時は独自でビルドして表示しているのだ。
https://github.com/JonAbrams/synth/blob/master/lib/frontendRenderer.js#L58

ココらへんもおいおい修正されていけば良いと思う