データを全部消して行うクリーンインストールじゃなくて、OS Xだけをインストールし直した場合の話
手順
1.XcodeのCommand Line Toolsをインストールする
2.brew linkを実施する
for x in $(brew list -1); do brew unlink $x; brew link $x; done
参考:https://github.com/Homebrew/homebrew/issues/27106#issuecomment-46449600
3.brew doctorで確認
brew doctor
4.問題があれば適宜対応
って感じで使えるようになりました!