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Niwa Ryo
@danryo_official
大学院修士課程の学生、金欠の男。バクテリアゲノム解析などが好きです。本ページは備忘録として自分のために書いたものを公開しているページになります。内容の信憑性、コードの正しさについては保証できません。参照をつけているものについては参照をよくお読みいただき、十分に吟味ください。質問、訂正等歓迎します。お願いします。

京都府

京都大学大学院

$ analyze @danryo_official
posted articles
  • bioinformatics:35%
  • genome:29%
  • バクテリアゲノム:29%
  • 素人:24%
  • QIIME2:18%
LGTMed articles
  • Python:35%
  • Python3:15%
  • R:12%
  • Docker:12%
  • bioinformatics:12%
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    No data
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    Pickup Articles

    @danryo_official

    Qiime2のチュートリアル Moving Pictures Tutorialに挑戦する

    <font color="Red">本記事は2019年秋に書かれたものになります。最新版とは仕様が異なる可能性があります。</font> ## はじめに 本稿は岐阜大学3年生向けの講義「ゲノム生物学」で説明される16S rRNAアンプリコンシーケンスを実行するための補助教材です。学部4年生が書いています。免責事項として、すべて正しいことが書けているとは考えておりませんので、実習向けとして捉えてく…

    @danryo_official

    素人バイオインフォマン誕生まで。

    ## バイオインフォって敷居高い NGSの進化とともにますます技術として定着してきたバイオインフォマティクスですが、データベースの充実とともにわかることが増えてきました。さらに、シーケンスの値段も下がってきて、どんなラボでも動かせる当たり前の技術になってきました。しかし、NGSでの解析の難関は最終工程です。パソコンで黒い画面を見ながら、よく分からない暗号を生物学者が打たないといけません。反復作業…

    @danryo_official

    自粛中はバクテリアゲノムアセンブリをするしかないだろう。

    <font color="Red">更新: この資料を使って何人かの未経験者にゲノムアセンブルに挑戦してもらっています。Macユーザーの友人2人が無事に最後までたどり着けたと報告してくれました。ただ、Windowsユーザーの友人はエラーが出で止まってしまっているとのこと。原因がわかり次第追記します。</font> <font color="Red">更新2: まだストップしている理由は不明です…