少しハマったので解決策をシェアしたいと思います。
Juliaのバージョンを上げた途端にこれまでできていたproxy経由でのパッケージインストールができなくなったようなケースが対象です。
Julia 1.3で確認済みです。
参考URL:
https://github.com/libgit2/libgit2/issues/5255
解決策
proxyがhttp://myproxy.com
でポートが1111のときですが、
.gitconfigに
[http]
proxy = http://myproxy.com:1111
と書かれていると通常のgitはちゃんとproxyを通ってくれるのですが、Juliaだとこれがうまくいかない場合があります。
この場合、
[http]
proxy = http://myproxy.com:1111/
とスラッシュを最後に入れると解決する場合があります。