Gromacsインストールの前に以下の作業を行う。
openssh-serverの開設 ( https://qiita.com/chemises/items/9b3368c5ce972df57c82 )
CUDA10.1のインストール ( https://qiita.com/chemises/items/f35b93d786d9121ac978 )
Cmake3.15.2のインストール ( https://qiita.com/chemises/items/efff39a67717e1ee2fb3 )
gccコンパイラ8.2.1のインストール (https://qiita.com/chemises/items/730a3d2dc527cc7cbc95 )
wgetを使ってネットワークからGromacs2018.3のソースコードをダウンロードする。
$sudo wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.3.tar.gz
zipファイルを展開
$tar -zxvf gromacs-2018.3.tar.gz
Gromacs2018.3のディレクトリに入る
$cd gromacs-2018.3
Bulidをするためのディレクトリを作成しそのディレクトリに入る。
$mkdir build
$cd build
cmakeを使ってBuildを行う。
$cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=gcc ¥
-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ ¥
-DGMX_MPI=OFF ¥ -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_OPENMP=ON ¥
-DGMX_GPU=ON ¥ -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda
-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF ¥ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=OFF ¥
-DGMX_FFT_LIBRARY=FFTW3 ¥
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs
makeを使ってインストールする。
$make -j4
$sudo make install
インストールが終わったらPATH指定を行う。
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC