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CENTOS8.0にCmake3.15.2を使ってGPU で高速演算ができる( CUDA10.1使用 ) Gromacs2018.3をインストールする。

Gromacsインストールの前に以下の作業を行う。
openssh-serverの開設 ( https://qiita.com/chemises/items/9b3368c5ce972df57c82 )
CUDA10.1のインストール ( https://qiita.com/chemises/items/f35b93d786d9121ac978 )
Cmake3.15.2のインストール ( https://qiita.com/chemises/items/efff39a67717e1ee2fb3 )
gccコンパイラ8.2.1のインストール (https://qiita.com/chemises/items/730a3d2dc527cc7cbc95 )

wgetを使ってネットワークからGromacs2018.3のソースコードをダウンロードする。

$sudo wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.3.tar.gz

zipファイルを展開

$tar -zxvf gromacs-2018.3.tar.gz

Gromacs2018.3のディレクトリに入る

$cd gromacs-2018.3

Bulidをするためのディレクトリを作成しそのディレクトリに入る。

$mkdir build
$cd build

cmakeを使ってBuildを行う。

$cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=gcc ¥ 
 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ ¥ 
 -DGMX_MPI=OFF ¥ -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_OPENMP=ON ¥ 
 -DGMX_GPU=ON ¥ -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda
 -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF ¥ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=OFF ¥
 -DGMX_FFT_LIBRARY=FFTW3 ¥
 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs

makeを使ってインストールする。

$make -j4
$sudo make install

インストールが終わったらPATH指定を行う。

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
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