ios側はXCodeからAndroidはFlutterのpubspec.yamlを変更すればOKです。
※ここではデプロイゲートでアプリを配布する方法は全て省いてます。ご了承ください。
ios側
RunnerのTARGETSのGeneralの中にあるIdentityのVeisionを変更すればOKです。
Android側
プロジェクト名/pubspeck.yamlの中で記載されているversionを変更すればOKです。
アップするたびにデプロイゲートのバージョンを上げてくれっていうことを言われて、よくよく見てみたらバージョンが上がってないことに気づき調べたけど、なかったのでなんとなくで探したら見つけました。
多分今後も忘れるだろうなって思ったので、自身の忘備録も兼ねて共有です。
どなたかの参考になれば幸いです。