1. bunzaemon

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-##### この文章について
-perl と bioinformatics 中心に、過去の残滓を書き残してます。
-今時の人なら、そっち系のツールを探して使う方が生産的である事は言うまでもありません。
-
[Qiime](http://qiime.org/) 1.9.0 が [正式リリース](https://qiime.wordpress.com/2015/01/30/qiime-1-9-0-is-live/)されました。
### 要件
* 'CentOS6.6', `pyenv` での環境構築
* `python` のバージョンは 2.7.3
`python` バージョン要件が、[ここ](http://qiime.org/)のどこを掘っても出て来ない。
駄目元で、3系を試したものの、やっぱり上手く行かなかった。
一応、前バージョンの環境に併せて。
`pyenv` 環境では無い人は必要に応じて `sudo` する。`--prefix` 以降を消去する。
## インストール
### 隔離環境作成
`pyenv` 使ってない人には無関係
```bash:
$ pyenv virtualenv 2.7.3 qiime1.9
$ pyenv shell qiime1.9
$ pyenv rehash
$ pip install --upgrade setuptools
$ pip install --upgrade pip
```
### 本体インストール前にインストール
Qiime1.8 からのアップグレードの場合に、このステップが必要かどうかは検証していない
#### nose,numpy
```bash:
$ pip install nose
$ pip install numpy
```
`nose` は、 `numpy` などのテストに必要
#### scipy 用の数値演算ライブラリー
先に入れとかないと `scipy` インストール時にコケる
素直に `sudo` でインストール
当方の環境では、 `lapack-devel` のみインストールされていなかったのだが、一応全部書く。
```bash:
$ sudo yum install lapack-devel
$ sudo yum install blas-devel
$ sudo yum install atlas
```
#### scipy
本体インストール時に、インストールされるが、上記のからみで先にインストール。
```bash:
$ pip install scipy
```
### 本体インストール
#### 新規インストール
コケる事もなく、、、
```bash:
$ pip install qiime
```
#### Qiime1.8 からのアップグレード
の場合も、上に同じ
```bash:
$ pip install --upgrade qiime
```
### 確認
個々のアプリインストール、環境変数設定後に、
```bash:
$ print_qiime_config.py -tf
```
エラーは出てないので良しする。
### 個々のアプリ
以下のもののインストールだけ記載
* 新規に必要だった `hdf5`, `h5py`
* Mothur 1.25.0 (ちょっとインストールが難しいもの)
`${PLENV_ROOT}/versions/qiime1.9/src` にソースディレクトリがあると想定
#### hdf5, h5py
パラレル必要な程のデータは扱ってない。
ヲーニングが山程出たが、`make check` はパスした。
```bash:
$ wget -q http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.bz2
$ tar xjf hdf5-1.8.14.tar.bz2
$ cd hdf5-1.8.14
$ ./configure --prefix=${PLENV_ROOT}/versions/qiime1.9
$ make
$ make check
$ make install
```
```bash:
$ HDF5_DIR=${PLENV_ROOT}/versions/qiime1.9 pip install h5py
```
#### mothur 1.25.0
Qiimeによるバージョン指定 => 1.25.0
[ここ](http://qiime.org/install/install.html)から src_mothur をダウンロード
```bash:
$ ls | grep Mot
Mothur.1.25.0.zip
$ unzip Mothur.1.25.0.zip
```
##### `uchime_src/Makefile` の編集
端折ってますが、適当なエディタで編集して。
行頭の空白は'タブ'
```bash:
$ cd Mothur.source/uchime_src
$ touch Makefile
```
```Makefile:Makefile
CXX=g++
CXXFLAGS=-O3 -msse4.2 -mavx -mfpmath=sse -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DNDEBUG=1 -DUCHIMES=1
OBJ=$(subst .cpp,.o,$(wildcard *.cpp))
uchime: $(OBJ)
$(CXX) $(OBJ) -o $@ -lm
strip uchime
mv uchime ../
```
##### `makefile` の編集
端折ってますが、(略)
```bash:
$ cd ../
$ diff makefile makefile.bak
31c31
< #TARGET_ARCH += -arch x86_64
---
> TARGET_ARCH += -arch x86_64
40c40
< CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
---
> #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
104c104
< make -C uchime_src
---
> cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
```
##### `make`
```bash:
$ make
$ mv mothur uchime ../../bin/
$ cd ../
$ rm -rf Mothur.source __MACOSX
$ mothur -version
Mothur version=1.25.0
Release Date=5/1/2012
```