1. bunzaemon

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    bunzaemon
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+Qiime 1.9
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@@ -0,0 +1,176 @@
+
+##### この文章について
+perl と bioinformatics 中心に、過去の残滓を書き残してます。
+今時の人なら、そっち系のツールを探して使う方が生産的である事は言うまでもありません。
+
+と、言いながら、 [Qiime](http://qiime.org/) 1.9.0 はつい最近の[正式リリース]((https://qiime.wordpress.com/2015/01/30/qiime-1-9-0-is-live/))で、従って過去の残滓でもなんでもない、、、
+
+### 要件
+* 'CentOS6.6', `pyenv` での環境構築
+* `python` のバージョンは 2.7.3
+
+`python` バージョン要件が、[ここ](http://qiime.org/)のどこを掘っても出て来ない。
+駄目元で、3系を試したものの、やっぱり上手く行かなかった。
+一応、前バージョンの環境に併せて。
+
+`pyenv` 環境では無い人は必要に応じて `sudo` する。`--prefix` 以降を消去する。
+
+## インストール
+
+
+### 隔離環境作成
+`pyenv` 使ってない人には無関係
+
+```bash:
+$ pyenv virtualenv 2.7.3 qiime1.9
+$ pyenv shell qiime1.9
+$ pyenv rehash
+$ pip install --upgrade setuptools
+$ pip install --upgrade pip
+```
+
+### 本体インストール前にインストール
+Qiime1.8 からのアップグレードの場合に、このステップが必要かどうかは検証していない
+
+#### nose,numpy
+
+```bash:
+$ pip install nose
+$ pip install numpy
+```
+`nose` は、 `numpy` などのテストに必要
+
+#### scipy 用の数値演算ライブラリー
+先に入れとかないと `scipy` インストール時にコケる
+素直に `sudo` でインストール
+当方の環境では、 `lapack-devel` のみインストールされていなかったのだが、一応全部書く。
+
+```bash:
+$ sudo yum install lapack-devel
+$ sudo yum install blas-devel
+$ sudo yum install atlas
+```
+
+#### scipy
+本体インストール時に、インストールされるが、上記のからみで先にインストール。
+
+```bash:
+$ pip install scipy
+```
+
+
+### 本体インストール
+
+#### 新規インストール
+コケる事もなく、、、
+
+```bash:
+$ pip install qiime
+```
+
+#### Qiime1.8 からのアップグレード
+の場合も、上に同じ
+
+```bash:
+$ pip install --upgrade qiime
+```
+
+### 確認
+個々のアプリインストール、環境変数設定後に、
+
+```bash:
+$ print_qiime_config.py -tf
+```
+
+エラーは出てないので良しする。
+
+### 個々のアプリ
+
+以下のもののインストールだけ記載
+
+* 新規に必要だった `hdf5`, `h5py`
+* Mothur 1.25.0 (ちょっとインストールが難しいもの)
+
+`${PLENV_ROOT}/versions/qiime1.9/src` にソースディレクトリがあると想定
+
+#### hdf5, h5py
+
+パラレル必要な程のデータは扱ってない。
+ヲーニングが山程出たが、`make check` はパスした。
+
+```bash:
+$ wget -q http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.bz2
+$ tar xjf hdf5-1.8.14.tar.bz2
+$ cd hdf5-1.8.14
+$ ./configure --prefix=${PLENV_ROOT}/versions/qiime1.9
+$ make
+$ make check
+$ make install
+```
+
+```bash:
+$ HDF5_DIR=${PLENV_ROOT}/versions/qiime1.9 pip install h5py
+```
+
+#### mothur 1.25.0
+
+Qiimeによるバージョン指定 => 1.25.0
+[ここ](http://qiime.org/install/install.html)から src_mothur をダウンロード
+
+```bash:
+$ ls | grep Mot
+Mothur.1.25.0.zip
+$ unzip Mothur.1.25.0.zip
+```
+
+
+##### `uchime_src/Makefile` の編集
+端折ってますが、適当なエディタで編集して。
+行頭の空白は'タブ'
+
+```bash:
+$ cd Mothur.source/uchime_src
+$ touch Makefile
+$ cat Makefile
+CXX=g++
+CXXFLAGS=-O3 -msse4.2 -mavx -mfpmath=sse -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DNDEBUG=1 -DUCHIMES=1
+OBJ=$(subst .cpp,.o,$(wildcard *.cpp))
+
+uchime: $(OBJ)
+ $(CXX) $(OBJ) -o $@ -lm
+ strip uchime
+ mv uchime ../
+```
+
+##### `makefile` の編集
+端折ってますが、(略)
+
+
+```bash:
+$ cd ../
+$ diff makefile makefile.bak
+31c31
+< #TARGET_ARCH += -arch x86_64
+---
+> TARGET_ARCH += -arch x86_64
+40c40
+< CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
+---
+> #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
+104c104
+< make -C uchime_src
+---
+> cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
+```
+##### `make`
+
+```bash:
+$ make
+$ mv mothur uchime ../../bin/
+$ cd ../
+$ rm -rf Mothur.source __MACOSX
+$ mothur -version
+Mothur version=1.25.0
+Release Date=5/1/2012
+```
+