できそうでできなくて苦労したのでメモ。

環境

PHP:7.0.9
Xdebug:2.4.1
PHPStorm：2016.2.2

前提

Vagrantの仮想環境にApache、PHP、Xdebugはインストール済み

Vagrant（の仮想環境）

CentOSで試しましたが、特にOS依存はないです、たぶん。

php.ini

Xdebug用の設定値を追記します。他にも設定値がありますが、とりあえず動けばいいや的な。
[xdebug]
zend_extension=/opt/remi/php70/root/usr/lib64/php/modules/xdebug.so ; Xdebugモジュールのパス
xdebug.remote_enable=On
xdebug.remote_autostart=On
xdebug.remote_host=192.168.33.1 ;デバッグ接続するPCのIPアドレス
xdebug.remote_port=9000
xdebug.idekey="PHPSTORM" ; PHPStormとのセッションクッキー名

PHPStrom側の設定

こっちの設定がけっこう手こずりました。
PHPStorm -> Preferences から設定します。

Languages & Frameworks > Debug

• Debug Port
  デフォルト9000番でよいです。php.iniのxdebug.remote_portと合わせる必要があります

Languages & Frameworks > Servers

「+」からサーバを追加します。

• Name
  適当でよいです
• Host
  デバッグ対象のURL
• Absolute path on the server
  Vagrant上のプロジェクトのパスを選びます。デフォルトは空欄なので、セレクトボックスから絶対パスを選択します

メニューのRun > Edit Configurations

左上の「+」から、「PHP Remote Debug」を選択し、設定を追加します

• Name
  
  適当でよいです

• Servers
  
  さっき作成したサーバ情報を選択します

• ide key
  
  "PHPSTORM"を指定します

デバッグ

右上の電話の受話器マークを有効にして（緑っぽくする）URLにアクセスすると、ブレークポイントでめでたく停止。
こちらからは以上です