githubへのpushでPermission denied (publickey)が出た時
検索するといろいろな情報が出てきますが
自分の場合は少し特殊なケースだったのでメモします。
※環境はcentos7.5です。

鍵に名前を付けたことが原因でした

鍵を生成する際に自分で名前を付けることができます。
（今回自分も始めてやってみました）
こうするとデフォルトで鍵が読み込まれなくなります。
「~/.ssh/id_rsa」、「~/.ssh/id_dsa」、「~/.ssh/identity」
これらの名前以外ではデフォルトで読み込まれなくなります。

エラー

結果として以下のエラーが出ます。


Permission denied (publickey)

以下のファイルを作成します

~/.ssh/config


Host github github.com
  HostName github.com
  IdentityFile ~/.ssh/id_git_example_rsa #ここに自分の鍵のファイル名
  User git

自分の場合はこの方法で接続できるようになりました。

.ssh # 格納ディレクトリは700
┗id_git_rsa # 秘密鍵は600
このように設定していないかを確認します。
こちらも原因になることがあります。

ssh-agentというのはlinuxのデーモン（裏側で動いているプログラム）らしい。
こちらの方法でも今回のエラーは解消できた。

sshagent.shell

eval "$(ssh-agent)" #デーモン起動
ssh-add　~/.ssh/id_git_example_rsa　#鍵を登録する
ssh-add -l #登録された鍵を確認

当初このコマンドを起動時に実行する方法を思いつき
bashrc bash_profileなどに登録しようと考えていましたが
おそらくconfigファイルを生成したほうがOSの負荷が少ない感じがします。

gitHubでssh接続する手順~公開鍵・秘密鍵の生成から~
こちらのページが見つからなかったら
違う方法で対処していたかもしれません。
非常にわかりやすくまとめてくださっていました。感謝です。