1. install
Homebrewをインストールしておいて、次を実行
$ brew install pyenv
$ pyenv install anaconda3-2.5.0
GUIのインストーラーがあるみたいだけれど、こちらは利用していない。
GUIのインストーラーを利用した場合の手順もあります。
2. Test drive
チュートリアルが提供されているのでやっておく。
ここの内容は次のチートシートによくまとめられている。
2-1. anacondaの管理
インストール確認
バージョンを出してインストール確認
$ conda --version
バージョン出るはず、だけど出ない
pyenv: conda: command not found
The `conda' command exists in these Python versions:
anaconda3-2.5.0
これはPyenvでインストールしていて、Globalにはインストールしていないため
作業用のフォルダを作って、そこでpyenvを利用してanacondaをインストール。
$ pyenv local anaconda3-2.5.0
$ conda --version
conda 3.19.1
今度はできた。
アップデート
Anacondaを最新版にアップデートしておく。
$ conda update conda
インストール直後だから大丈夫だと思っていたけれど、普通にアップデートされた
2-2. 作業環境管理
Anacondaでは作業環境を作成し、保存できる。この辺り、Rに似てる。
作業環境作成
Biopython用にSnowflakesという名前の環境を用意する。名前はチュートリアルにならった。
$ conda create --name snowflakes biopython
biopythonのダウンロードとセットアップが始まり、次のメッセージが表示される。
#
# To activate this environment, use:
# $ source activate snowflakes
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#
早速有効化してみる。
$ source activate snowflakes
usage: grep [-abcDEFGHhIiJLlmnOoqRSsUVvwxZ] [-A num] [-B num] [-C[num]]
[-e pattern] [-f file] [--binary-files=value] [--color=when]
[--context[=num]] [--directories=action] [--label] [--line-buffered]
[--null] [pattern] [file ...]
pyenv: -bash: command not found
[プロセスが完了しました]
何が起こったのか理解できなかったので放置して先に進む。
2-3. Pythonのバージョン管理
pyenvと役割が重なっているので嫌な予感しかしない。放置して先に進む。
2-4. Anacondaのパッケージ管理
インストール可能なパッケージのリストを表示
$ conda list
パッケージの検索(ここではbeautifulsoup4をインストール)
$ conda search beautifulsoup4
インストール(beautifulsoup4はインストール済みなので何も起きない)
$ conda install beautifulsoup4
アンインストール
$ conda remove beautifulsoup4
3. Jupyter Notebook
いよいよJypyterで色々やる。
3-1. Jupyter Notebookの起動
Jupyter Notebookを起動する
$ jupyter notebook
以降こちらを操作する。右上からNew Notebookを実行してHello, world.
Shift+Enterでセルの実行ができる。
今日はここまで。後は今度やる。