問題と解決

Ubuntu16に入れたとあるRailsアプリケーション内で、
rake assets:precompileしようとしたところ、
タイトルのように言われてしまいました。（他のrakeタスクでも同じ様に言われてしまいます。）

本来ですとbundle installすれば解決するのですが、
すでにnokogiriは存在するらしく下のように言われインストールされてくれません。

...
using nokogiri 1.8.2
...

最終的に、

rm -rf [アプリ側のgem保存場所(インストール時に--path=...で指定したパス)]

をしたあとにbundle installし直すと解決しました。
結局原因は不明ですが、今思うとextensionsあたりに問題があったかもしれません。

以下、やったけど駄目だったことを記します。

やったこと

・gemファイルの旧バージョン nokogiri 1.8.0を削除
　→ 状況変わらず

・gemファイルのnokogiri 1.8.2のみ削除、bundle install
　→ Using nokogiri 1.8.2と言われ、本体が入ってくれない

・--pathで指定していないシステム側に保存されたgemを削除
　→ 上と全く同様

・[--pathで指定したパス]/ruby/2.3.0/cache/, [--pathで指定したパス]/ruby/2.3.0/specifications/
　→ にあるキャッシュとスペックを消しても上と全く同様

・bundle updateしてみる
　→ nokogiri 1.8.2 が最新版だったので、他のgemがアップデートされただけ

・bundle info nokogiri, bundle issue, bundle env などで参照gemの場所をチェック
　→ 全く問題なし