Windowsで作成したファイルを、Macで開くと改行コード周りの関係で生じます。事前にgitの設定で排除しておけばいいという話ではありますが。。。
詳しくは引用元をご参照ください。
gitで管理しているプロジェクトの場合は、以下のように一掃できます。
git grep -l ^M | xargs sed -i '' -e 's/^M//g'
入力の際の注意点は以下の通り。
^Mを入力するには、[Ctrl]+[V]キーを押してから、[Ctrl]+[M]キーを押す。^Mは制御コードなので、[^]キーと[M]キーで「^M」と入力しても^Mとは認識されないので注意が必要だ。
via: http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/164linendm.html