0.12では, doctest_modeというマジックコマンドでプロンプトを'>>>'に変更できる.
In [1]: %doctest_mode
Exception reporting mode: Plain
Doctest mode is: ON
>>>
毎回打つのは面倒なので,起動時に自動で変更するように,以下のエイリアスを定義する.
alias ipy='ipython -ic "%doctest_mode"'
なお0.12より以前のバージョン(もっと前かも)では, 'ipython -cl'で同様の処理ができていたようです.