エンコード指定すれば問題なく実行できます。
test.wsf
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<package>
<job>
<?job error="True" debug="True" ?>
<runtime/>
<script language="JScript">
<![CDATA[
WScript.Echo("ほげ");
]]>
</script>
</job>
</package>
ただし、ファイルを分割してインクルードすると文字コードのエンコードが上手く認識されないので、インクルードするファイルには BOM を付けて下さい。
test.wsf
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<package>
<job>
<?job error="True" debug="True" ?>
<runtime/>
<script language="JScript" src="./test.js"/>
<script language="JScript">
<![CDATA[
main();
]]>
</script>
</job>
</package>
test.js
function main()
{
WScript.Echo("ほげ");
}