TL;DR
内蔵オーディオデバイス全体を無効化するには、/etc/modulesのsnd_bcm2835をコメントアウトすればOK。
内蔵オーディオデバイス全体を無効化する方法
デバイスドライバを読み込まないようにすることで無効化できます。
具体的には/etc/modulesに含まれているsnd_bcm2835をコメントアウト（先頭に#を付加）し、再起動することで無効化できます。
root@volumio:~# lsmod | grep bcm2835
snd_bcm2835 21342 1
snd_pcm 93100 2 snd_bcm2835,snd_usb_audio
snd 67211 11 snd_bcm2835,snd_usb_audio,snd_hwdep,snd_timer,snd_pcm,snd_seq,snd_rawmidi,snd_usbmidi_lib,snd_seq_device
root@volumio:~# cat /etc/modules
snd_bcm2835
root@volumio:~# vi /etc/modules
root@volumio:~# cat /etc/modules
#snd_bcm2835
root@volumio:~# reboot
HDMIへのオーディオ出力を無効化する方法
/boot/config.txtのhdmi_driveを変更することで無効化できるらしいですが、未確認。
公式サイトに詳しい記述があります。
config.txt - Raspberry Pi Documentation
無効化の背景
Volumioという音楽再生に特化したLinuxディストリビューションがあります。
Raspberry Pi用のイメージも存在し、とても手軽に導入することができます。
しかし、このシステムでは、サウンドデバイス（サウンドカード）の指定にデバイス番号が使われており、USBスピーカーなど、取り外し可能なオーディオデバイスを使った場合に、デバイス番号が一定にならない問題があります。（デバイス名で識別してくれたらいいのに・・・）
そのため、内蔵オーディオデバイスを無効化することで、デバイス番号0が外部オーディオデバイスになるように暫定的に対処しました。
なお、Volumio 1.55での話であり、今後は改善される可能性があります。