Capistrano 3.0では deploy タスクを実行すると最後の最後に deploy:restart が実行されていましたが 3.1.0 から実行されないようになりました。
そのため deploy:restart で何か意味のあることをしていて3.0から3.1.0に何も考えずにアップグレードすると、その「何か意味のあること」が実行されなくなってしまうので注意が必要です。
3.1.0以降でも deploy:restart を使うにはこのように書きます。
config/deploy.rb
namespace :deploy do
after :publishing, :restart
end