{xlsx}パッケージについて
{xlsx}パッケージは，ExcelのファイルをRで読み書きするためのパッケージです．
使うには{rJava}パッケージのインストールが必要になります．
xlsxファイルの読み込み
xlsxファイルの読み込み
library(xlsx)
# test.xlsxの1番目のシートの1,2,5列目のデータをデータフレームとして読み込む
dat <- read.xlsx("test.xlsx", sheetIndex=1, colIndex=c(1,2,5))
xlsxファイルの書き出し（シンプルな方法）
単純にデータフレームを書き出すだけならwrite.xlsx()でできます．
df <- data.frame(gene_symbol=c("OCT4\n(POU5F1)", "SOX2", "KLF4", "C-MYC"), expression=c(1,6,9,4))
write.xlsx(df, file="test.xlsx", sheetName="sheet1", row.names=F)
この方法はシンプルですが，セルの書式設定など高度な設定はできません．
例えば，上の例で作成したxlsxファイルをExcelで開いても，OCT4\n(POU5F1)はセル内改行とは認識されません．
xlsxファイルの書き出し（複雑なことができる方法）
workbookオブジェクト，sheetオブジェクト，CellStyleオブジェクトを作成することで，より高度なxlsxファイルを作成することができます．
df <- data.frame(gene_symbol=c("OCT4\n(POU5F1)", "SOX2", "KLF4", "C-MYC"), expression=c(1,6,9,4))
# workbookオブジェクトの作成
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
# シート名が"sheet1"であるsheetオブジェクトの作成
sheet <- createSheet(wb, sheet="sheet1")
# sheetオブジェクトにデータフレームを入力
addDataFrame(iris, sheet, startColumn=1)
# シート名が"sheet2"であるsheetオブジェクトの作成
sheet <- createSheet(wb, sheet="sheet2")
# CellStyleオブジェクトの作成（wrapTextは「セル内でテキストを折り返す」）
cs1 <- CellStyle(wb) + Alignment(wrapText=T) + DataFormat("@")
# sheetオブジェクトにデータフレームを入力
addDataFrame(df, sheet, startColumn=1, row.names=F, colStyle=list(`1`=cs1))
# Excelファイルを出力（"sheet1"，"sheet2"という２つのシートを持つ）
saveWorkbook(wb, file="test.xlsx")
この例では，sheet2では，"OCT4\n(POU5F1)"はセル内改行として認識されます．
CellStyleについては，かなり細かい設定ができます．詳しくは，?CellStyleでヘルプを参照してください．
ただし，細かい設定をするには，ExcelをVBAで操作する際の知識が必要となります（ググる程度）．
例えば，DataFormat("@")の"@"はVBAでセルの書式を「文字列」にする際の指定です．
ヒープサイズの設定
read.xlsx()を使う際にjava.lang.OutOfMemoryError: Java heap spaceというエラーが出ることがあります．
これを防ぐためには，以下のようにヒープサイズの設定をJVMの初期化の前に（library(xlsx)の前に）行うことが有効です(http://www.bramschoenmakers.nl/en/node/726)．
ヒープサイズの設定
options( java.parameters = "-Xmx4g" )