GOSのサンプリング地点をRで可視化する

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    概要

    あるプロジェクトにおけるサンプルのサンプリングポイントがどこだかを可視化しました.
    (ただし,メタデータの全てを得られたわけではないので,ここにあるのが全てというわけではありません)

    Rで描く

    # install.packages("maptools")
    # install.packages("rgeos")
    # install.packages("gpclib")
    
    rm(list=ls())
    
    library(maptools) 
    library(rgeos)
    library(ggplot2) 
    gpclibPermit() 
    theme_set(theme_bw()) 
    
    
    world.shp <- readShapeSpatial("~/Downloads/TM_WORLD_BORDERS-0/TM_WORLD_BORDERS-0.3.shp") 
    
    # check for region-id - Use "FIPS" 
    head(world.shp@data) 
    
    ## see licence, not GPL 
    # world.shp.p <- fortify.SpatialPolygonsDataFrame(world.shp, region="FIPS") 
    world.shp.p <- fortify(world.shp, region="FIPS") 
    
    world <- merge(world.shp.p, world.shp, by.x="id", by.y="FIPS") 
    
    head(world) 
    dim(world) 
    
    # only the worldmap 
    p <- ggplot(data=world, aes(x=long, y=lat, group=group)) + 
    geom_polygon(fill="#63D1F4") 
    p <- p + geom_path(color="white") + coord_equal() 
    plot(p)
    ggsave(p, width=11.69, height=8.27, file="world_map.jpg") 
    
    ## Add some locations 
    d <- read.table("~/Desktop/gcos_point.txt", header=T)
    colnames(d) <- c("lat", "long")
    
    dat <- read.table("~/Downloads/CAM_PROJ_GOS.csv", header=T, sep=",")
    colnames(dat)[grep("LATITUDE", colnames(dat))] <- "lat"
    colnames(dat)[grep("LONGITUDE", colnames(dat))] <- "long"
    
    
    
    p1 <- p + geom_point(data = dat, aes(group = NULL), shape=20, 
                          color="#00880040") 
    ggsave(p1, width=11.69, height=8.27, file="world_map_2.jpg") 
    
    
    
    
    dat2 <- read.table("~/Downloads/CAM_PROJ_AntarcticaAquatic.csv", header=T, sep=",")
    colnames(dat2)[grep("LATITUDE", colnames(dat2))] <- "lat"
    colnames(dat2)[grep("LONGITUDE", colnames(dat2))] <- "long"
    p2 <- p1 + geom_point(data = dat2, aes(group = NULL), shape=20, 
                          color="#88000040") 
    ggsave(p2, width=11.69, height=8.27, file="world_map_3.jpg") 
    
    
    
    dat3 <- read.table("~/Downloads/CAM_P_0001024.csv", header=T, sep=",")
    colnames(dat3)[grep("LATITUDE", colnames(dat3))] <- "lat"
    colnames(dat3)[grep("LONGITUDE", colnames(dat3))] <- "long"
    p3 <- p2 + geom_point(data = dat3, aes(group = NULL), shape=20, 
                          color="#00008840") 
    ggsave(p3, width=11.69, height=8.27, file="world_map_4.jpg") 
    

    サンプリングポイントが重なっている部分は濃くなっています.

    world_map_4.jpg

    参考