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5分ではじめる knitr

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この記事は最終更新日から1年以上が経過しています。

組織におけるデータ解析には,「報告」という業務がつきまといます.

この報告のための資料作りというやつが,非常に厄介です.

解析結果のプロット図を 100 枚 Word に一生懸命貼り付けている人もいるでしょう.

もしデータ解析やプログラムの実行結果と報告資料を組み合わせることができたら,どんなにしあわせでしょう?

knitr パッケージは,R の処理と報告資料の一元化できるパッケージです.

この記事では,5分で knitr パッケージをつかってサンプルのレポートの HTML を生成するところまでを体験していただきます.

この記事のターゲットとゴールは,つぎになります.

  • ターゲット
    • R をこれから勉強したい人
    • R を使っているけど,画像 1000 枚とか手作業で Word に貼り付けている人
  • ゴール
    • R の簡単のコードの実行結果を HTML として出力

RStudio のインストール

R 用統合開発環境である RStudio をダウンロードします.

今回は RStudio Desktop 版を利用するので,そちらをダウンロードしてインストールしてください.
RStudio Desktop 版は,Windows, Linux, Mac に対応しています.
そのためチームメンバーにおけるお使いの OS が違っていても,大きな問題はないでしょう.
サーバ版の説明はいつかどこかでやります.

rstudio-top-page.jpg

RStudio を起動して knitr パッケージをインストール

RStudio を起動したら,まずは knitr パッケージをダウンロードします.

RStdio のコンソール上で,つぎのコマンドを実行してください.

install.package 関数を実行すると,依存するほかの R パッケージをまとめてインストールしてくれます.

install.packages("knitr")

install-knitr.jpg

R markdown ファイルを新規作成

knitr がインストールできたので,さっそく knitr を実行するためのファイルを作成します.

メニューの File > New File > R Markdown を選択して,Markdown 記法で R の処理と報告内容を記述できるファイルが作成できます.

ファイルを作成すると,サンプルとしてのコードがすでに記述されています.
今回の記事では,そのままコードを利用します.

create-a-new-rmd.jpg

HTML として実行結果や図を出力

サンプルの R markdown ファイルから HTML の生成を行います.

下図のように,RStudio で開いている Untitled.Rmd ファイルに "Knit HTML" というボタンがあります.

こちらのボタンをクリックすると,R markdown ファイルを実行して,HTML を生成します.

ファイルを保存していない場合は,ファイルの保存先を聞かれるので,適当な場所に保存してください.

必要であれば,Untitled.Rmd 以外のファイル名をつけても,全く問題ありません.

knit2html.jpg

"Knit HTML" を実行すると,つぎのような別ウィンドウが立ち上がり,実行結果が確認できます.

サンプルデータの carssummary 関数を適応した結果と plot した結果が表示されていることが確認できると思います.

knit2html-result.jpg

HTML の保存先

R markdown ファイルを実行して生成した HTML ファイルは,作成した R markdown ファイルと同じディレクトリに作成されます.

今回は,R markdown ファイルを Untitled.Rmd と名前を変更せずに保存しました.
Untitled.html というファイルが生成された HTML になります.
HTML に埋め込まれる画像は,figure ディレクトリ以下に保存されます.
plot(cars) の実行結果のプロット図が,figure/unnamed-chunk-2.png として保存されています.

├── Untitled.Rmd
├── Untitled.html
├── Untitled.md
└── figure
    └── unnamed-chunk-2.png

まとめ

今回の記事では,R をこれから勉強する人やすでに使っているけど報告書を作るコストが高いと感じている人向けに,knitr パッケージを利用して R のソースコードと報告を一元化する体験をしていただきました.

そのために,RStudio をインストールして,R markdown ファイルを作成し,サンプルコードを実行するという作業を説明しました.

より突っ込んだ knitr の使い方については,別の記事で書きます.

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