jQueryで要素が画面内に存在しているかどうか調べる

scrollTop = $(window).scrollTop();
scrollBottom = scrollTop + $(window).height();
if ($target.offset().top > scrollTop && $target.offset().top < scrollBottom) {
  // 存在するとき
}
else {
  // 存在しないとき
}

position: fixed な要素があれば、その高さを考慮するほうがいいかも。また、上のコードは「要素の上端が画面内に存在するとき」になっているので、対象が高さのある要素だったりすると適宜修正が必要かも。