はじめに
Ａ開発者からApp TransferでＢ開発者にアプリを転送して、かつＢ開発者がアップデートをした場合、Keychainは空になります。Keychainは開発者固有です。
※ 開発者固有という言い方は語弊があると思いますが、書くのが面倒だったのでそういうことにします。
キーチェンに認証情報が入っている場合
Ｂ開発者のKeychainを見に行くので、ログインなどが出来なくなります。
Ａ開発者のKeychainは消えた？
消えていません。再度、App TransferしてＡ開発者がアップデートを行えば、Ａ開発者のKeychainが参照されます。
なぜ
Important: If you have recently received an app from another developer by way of the App Transfer process, the transferred App ID will now have your Team ID as the App ID prefix. If the previous version of your app was writing data to the keychain, submitting an app update with the new App ID will result in a loss of access to the previous keychain data. The keychain access will only be lost after an update to the app is released on the App Store
https://developer.apple.com/library/ios/technotes/tn2311/_index.html
どうする
Keychainの共有は同じteam内でしか出来ませんので、メール認証などを導入するかNSUserDefaultなどに一時的においてやる必要があると思います。Keychainに入れていた情報をNSUserDefaultに移すのは注意が必要でしょう。
謝辞
上記情報は、FacebookのiOS Developers JAPANグループで質問して教えていただきました。誠にありがとうございました。