ファイルを右クリックしてから「このアプリケーションで開く」で、すでに削除済みのアプリや同じアプリが重複して表示されている場合、下記の対応で解消可能。
ターミナルから
$ /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain user
$ killall Finder
自分の場合、最初のコマンドを実行してから長時間応答がなかったため、control+cでキャンセルして、Macを再起動してから再度実行したらうまくいった。
参考サイト