概要

jQueryのfilterを活用して、まとめて取得したチェックボックスから、特定のグループだけを抽出する。
ボタンの状態に応じて、全チェック・全解除。
グループ内のチェックが1つでも外れた場合「全てチェック・解除ボタン」のチェック状態を外す。
グループ内のチェックが全てついた場合「全てチェック・解除ボタン」にチェックを付ける。

実行サンプル

CSSなし

http://jsfiddle.net/rxxcs73f/4/

CSSあり

http://jsfiddle.net/rxxcs73f/3/ （オブジェクトリテラル）
http://codepen.io/yama-t/pen/VvxqvP （プロトタイプベース）

コード

オブジェクトリテラル

HTML

<h1>グループ1</h1>
<ul>
    <li><label><input type="checkbox" name="group1">チェック1</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group1">チェック2</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group1">チェック3</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group1">チェック4</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group1">チェック5</label></li>
</ul>

<div><label><input type="checkbox" data-checked-all="group1" class="jscBtnCheckAll">グループ1を全チェック/解除</label></div>

<h1>グループ2</h1>
<ul>
    <li><label><input type="checkbox" name="group2">チェック1</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group2">チェック2</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group2">チェック3</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group2">チェック4</label></li>
    <li><label><input type="checkbox" name="group2">チェック5</label></li>
</ul>

<div><label><input type="checkbox" data-checked-all="group2" class="jscBtnCheckAll">グループ2を全チェック/解除</label></div>

var SAMPLE = SAMPLE || {}

SAMPLE.CheckAll = {
    init: function() {
        this.setParameter();
        this.bindEvent();
    },
    setParameter: function(){
        this.$checkbox = $('input[type=checkbox]');
        this.$btnCheckAll = $('.jscBtnCheckAll');
    },
    bindEvent: function(){
        var _self = this;

        this.$btnCheckAll.on('click', function() {
            _self.toggleCheckedAll(this);
        });

        this.$checkbox.on('click', function() {
            _self.toggleBtnCheckedAll(this);
        });
    },
    toggleCheckedAll: function(btnCheckAll){
        // 同グループのチェックボックスの全チェック・全解除
        var $btnCheckAll = $(btnCheckAll),
            groupName = $btnCheckAll.attr('data-checked-all'),
            $targetCheckbox = this.$checkbox.filter(function() {
                return $(this).attr('name') === groupName;
            });

        if($btnCheckAll.is(':checked')){
            $targetCheckbox.prop('checked', true);
        } else {
            $targetCheckbox.prop('checked', false);
        }
    },
    toggleBtnCheckedAll: function(checkbox){
        var $checkbox = $(checkbox),
            groupName = $checkbox.attr('name'),
            $targetBtnCheckAll = this.$btnCheckAll.filter(function() {
                return $(this).attr('data-checked-all') === groupName;
            });

        // グループ内のチェックが1つでも外れたら、ボタンのチェックも外す
        if(!$checkbox.is(':checked')){
            $targetBtnCheckAll.prop('checked', false);
            return;
        }

        // グループ内のボタンが全てチェックされたら、ボタンにチェックをつける
        var $checkboxGroup = this.$checkbox.filter(function() {
                return $(this).attr('name') === groupName;
            }),
            $checkboxGroupChecked = $checkboxGroup.filter(function() {
                return $(this).prop('checked') === true;
            });

        if($checkboxGroup.length === $checkboxGroupChecked.length){
            $targetBtnCheckAll.prop('checked', true);
        }
    }
}

$(function(){
    SAMPLE.CheckAll.init();
})

プロトタイプベース

全てチェックボタン1つと、対応するチェックボックスのグループごとにインスタンスを生成する感じ。
読み込み時にグループ化するので、イベント発生時にやることが減る（チェック状態の確認と、チェックされている数の確認、それに応じた操作だけ）。

var SAMPLE = SAMPLE || {}

SAMPLE.CheckAll = function(btnCheckAll){
    this.$btnCheckAll = $(btnCheckAll);
    this.init();    
};

SAMPLE.CheckAll.prototype = {
    init: function() {
        this.setParameter();
        this.bindEvent();
    },
    setParameter: function(){
        this.groupName = this.$btnCheckAll.attr('data-checked-all');
        this.$checkbox = this.getCheckboxGroup();
        this.checkboxLength = this.$checkbox.length;
    },
    getCheckboxGroup: function(){
        var groupName = this.groupName,
            $result;

        /* グループ化のための属性が設定されていない場合の例外処理。*/
        if(!groupName){
            return $('');
        }

        $result = $('input[type=checkbox]').filter(function() {
            return $(this).attr('name') === groupName;
        });

        return $result;
    },
    bindEvent: function(){
        var _self = this;

        this.$btnCheckAll.on('click', function() {
            _self.toggleCheckedAll();
        });

        this.$checkbox.on('click', function() {
            _self.toggleBtnCheckedAll();
        });
    },
    toggleCheckedAll: function(){
        // 同グループのチェックボックスの全チェック・全解除
        var checked = this.$btnCheckAll.is(':checked');
        this.$checkbox.prop('checked', checked);
    },
    toggleBtnCheckedAll: function(){
        // チェック項目が外れた時に全選択ボタンのチェック状態の解除
        var checkedLength = this.$checkbox.filter(':checked').length,
        checked = false;

        // グループ内のボタンが全てチェックされたら、ボタンにチェックをつける
        if(checkedLength === this.checkboxLength){
            checked = true;
        }
        this.$btnCheckAll.prop('checked', checked);
    }
}

$(function(){
    $('.jscBtnCheckAll').each(function() {
        new SAMPLE.CheckAll(this);
    });
})

補足

同グループのチェックボックスの抽出（全チェック・解除ボタン除く）

var $checkboxGroup = this.$checkbox.filter(function() {
    return $(this).attr('name') === groupName;
}),

全チェック・解除ボタンを除いた、同グループのチェックボックス全てを抽出する。

同グループのチェックボックスの中から、さらにchecked状態のものだけを抽出

$checkboxGroupChecked = $checkboxGroup.filter(function() {
    return $(this).prop('checked') === true;
});

一度抽出したものからさらにフィルターを掛けて、チェック中のチェックボックスのみ抽出。

抽出した数をそれぞれ比較し、一致した場合にのみ全チェック・解除ボタンにチェックをつける

if($checkboxGroup.length === $checkboxGroupChecked.length){
    $targetBtnCheckAll.prop('checked', true);
}

lengthを利用して両方の数を比較して、数が一致した時＝グループ全てにチェックが付けられた時なので、そのタイミングで全チェック・解除ボタンにチェックを付ける。

修正

サーバーの処理と絡める時、全チェック・解除ボタンにチェックボックスと同じname属性があると改竄エラーが出るというFBがあったので、全チェック・解除ボタンにはname属性ではなく、data-checked-all属性を持たせて、その名前をチェックボックスのグループ名と同じにした。