dumpファイルのダウンロード
chembl_21_postgresql.tar.gzをダウンロードして、
vagrantの実行フォルダにおいておく。
(1.1GBあるので、結構時間かかる。)
vagrantの立ち上げ
vagrant init trusty
vagrant up
vagrant ssh
Ubuntuの設定
- proxy環境下は下記を実行(user,password,proxy,portは自分の環境に読み変える)
sudo apt-get -o Acquire::http::proxy="http://<user>:<password>@<proxy>:<port>" update
echo 'export http_proxy=http://<proxy>:<port>' >>~/.bashrc
echo 'export https_proxy=https://<proxy>:<port>' >>~/.bashrc
echo 'export ftp_proxy=ftp://<proxy>:<port>' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
PostgreSQLのインストール
sudo -E apt-get install -y postgresql
sudo passwd postgres
# ユーザ名 postgresのパスワードを設定する
su - postgres
psql
PostgreSQLにdumpファイルを突っ込む
psqlで入れる先のDBを作る
create database chembl_21;
\q
dumpをimportする
cd /vagrant/
tar zxvf chembl_21_postgresql.tar.gz
cd chembl_21_postgresql/
psql chembl_21 < chembl_21.pgdump.sql
作業時間
- vagrantの初期化からimport開始まで7分
- importに1時間弱
- total 1時間あれば構築可能
参考URL
検索
- 検索クエリのsqlファイルを同じフォルダに保存して下記コマンド
psql chembl_21 -f test.sql -A -F, > chembl_21_rslt.csv
- pychembldbを使えばもっと捗ります