Biostrings::readDNAStringSetで読み込んだmultifastaファイルの塩基配列部分を抽出する

準備

デモデータの読み込み

library(Biostrings)

filepath <- system.file("extdata", "someORF.fa", package="Biostrings")
x <- readDNAStringSet(filepath)

> x
  A DNAStringSet instance of length 7
    width seq                                                       names               
[1]  5573 ACTTGTAAATATATCTTTTATTTTCCG...AACGCTTATCGACCTTATTGTTGATAT YAL001C TFC3 SGDI...
[2]  5825 TTCCAAGGCCGATGAATTCGACTCTTT...CCAGAGTAAATTTTTTTCTATTCTCTT YAL002W VPS8 SGDI...
[3]  2987 CTTCATGTCAGCCTGCACTTCTGGGTC...CCGATGGTACTCATGTAGCTGCCTCAT YAL003W EFB1 SGDI...
[4]  3929 CACTCATATCGGGGGTCTTACTTCCCA...GACGTGTCCCGAAACACGAAAAAGTAC YAL005C SSA1 SGDI...
[5]  2648 AGAGAAAGAGTTTCACTTCTTGATTAT...TAAAATATAATTTATGTGTGAACATAG YAL007C ERP2 SGDI...
[6]  2597 GTGTCCGGGCCTCGCAGGCGTTCTACT...GTTCAAGTTTTGGCAGAATGTACTTTT YAL008W FUN14 SGD...
[7]  2780 CAAGATAATGTCAAAGTTAGTGGTCGT...TAGGGCTAAGGAAGAAAAAAAAATCAC YAL009W SPO7 SGDI...

このオブジェクトxの配列部分だけ欲しいんだけどどうすれば！　という話題。

as.characterでいける

7番目の配列はたとえばこうやって取れます！

> as.character(x[[7]])
[1] "CAAGATAATGTCAAAGTTAGTGGTCGTCCTGTGTTTGTAGAATGTGTGTAATATCTTAAAGTTGTCGAACAACCGGGGCTTAAACTTACTAACCCTAACCAAAATTCAGCACCAAGCGACAACGAAGAATTATTGTACAGTGAGGTGTTAAACTTGGAAGGCGTGGTAAGGAAATTGTGTAATACTCTATAACCACATAATAGATCACTGGTGGAAAATATCCACTCCTGTAAATTGCGGTGAGAATCTCTTTGAAAATAGCACGTTAAAACGTTTAAGCTTTCTTTGAAACTACTGACACCCTTAAGCATAAATTGGGTTTGTGGACTTAGTCGTTTTATTATCATTGCTTCTAAATCAGAGCTGGGGTAGTACATTCTACCATAATAAAGGGATTTTTTAACAAATTTCGAGTCATGTAGTAATTTCTTGTCATTGTCGACTGTGGTGTTGTCACTACTCAACGTATTCGCACTACTAACACTGAAATTGAGGTTTGGTTGCAATTGTCTGTATGTTTCGGTGGCATCTTGTAATGGGATATCAGTAGAGTTGCGCATGAATTTCTCCAATTGCTGTGCATCGGAGTATAAATAACTCAGAGAACCATTTATCCTGGACCTCGTAGAAAAATCTAAAGAATTGAATGTATTGGGAGTAGATTTGTTGGAAATTTGCAGGTGTATTGCTGAGGGAATTCGGAAATCTAATAATGTTCTCGATGTGGCCGTTATATCCTCGTAGCTATTTTGCGTACTCCAATGGGTGCTCTGATAAAATGCCCTTAGTACTTGGTCCATATAGGGTAGCATCAAGATCGGTCTTCTCTGTTCGTGTCTTTTTCCTAACGTATATTTGCTTTGTTTCTTCACTCAACAATAAAGTCAAAGTAAAATTAAATACTAATTATTCTTAAAAGGGAAGATGCGAAATTTAGCGAAAATCTATTGATTATACACACAAAGGAAGAAAGGTAGTGGAAAGCTAAATAAAGGAGGTCATGGAGCCAGAGAGCATAGGCGATGTGGGGAACCATGCCCAGGATGATAGTGCCAGTATAGTGTCCGGGCCTCGCAGGCGTTCTACTAGCAAGACATCCAGTGCGAAGAATATACGGAACTCCAGTAATATCTCTCCAGCATCGATGATTTTCAGGAATTTGTTGATACTGGAGGATGATTTAAGACGCCAAGCTCACGAACAAAAGATACTGAAGTGGCAATTCACTTTGTTCTTAGCGTCTATGGCCGGTGTAGGCGCATTTACCTTCTACGAACTTTATTTCACTTCAGATTATGTCAAGGGCCTCCATAGGGTTATTTTGCAATTCACTCTTTCTTTCATTTCCATTACTGTAGTTCTTTTTCATATCAGTGGACAATATAGAAGAACTATCGTCATTCCAAGAAGATTTTTTACCTCTACTAATAAAGGGATTAGGCAGTTTAATGTGAAGCTAGTTAAAGTACAGTCTACGTGGGACGAGAAATACACAGATTCAGTAAGATTTGTGAGTCGAACAATTGCTTATTGTAATATTTATTGTTTGAAAAAATTTCTGTGGCTTAAAGACGATAATGCCATTGTGAAATTTTGGAAAAGTGTCACGATACAATCCCAACCGAGGATCGGAGCTGTGGATGTGAAATTAGTCCTCAACCCCAGAGCATTTAGTGCAGAGATTAGAGAAGGATGGGAGATTTATAGAGACGAGTTTTGGGCCAGGGAAGGTGCTAGAAGACGCAAACAAGCGCACGAACTCCGACCTAAATCAGAATGAAAGAGTTGGAGGGCTTCTTCCTTCGAATAAGAGGTCATATTTACCTATGTAAAATTGTAACCATCTATGTTCACACATAAATTATATTTTATACATTATTAGAAGTGAAGCTGTTGTGTCGTGAAAATTTTACAAATCCGTCATTTCATATTTAAGTTTTCCAACAAGTGCTAGAAAACCTAGGGGTTGTTGAAATTGGTTAAACAAGGCATCTTATTATACATACAACAGCATAACGCTAGAGGGGCAAGAAGGAAGAACTTAAAATAATAGGTGTAAAATGACTTTGGCTTTTAATATGCAACGGTTGGTGTTTCGTAATTTGAATGTTGGGAAGCGCATGTTCAAGAACGTCCCCTTATGGAGGTTTAATGTCGCCAATAAATTAGGAAAGCCCTTAACTCGCTCTGTAGGGTTAGGCGGTGCTGGCATAGTTGCTGGTGGCTTTTACTTGATGAATCGCCAGCCTTCTAAGTTGATATTCAATGATTCTTTAGGGGCAGCTGTCAAACAACAGGGTCCCTTGGAACCAACTGTGGGCAACAGTACGGCAATTACCGAGGAAAGGAGGAACAAAATAAGTAGTCACAAGCAGATGTTTTTGGGATCATTATTCGGTGTTGTTTTAGGAGTTACGGTGGCTAAGATATCAATTTTGTTTATGTATGTCGGTATTACAAGCATGCTTCTTTGTGAATGGTTACGGTACAAGGGATGGATTCGCATTAATTTGAAAAATATCAAATCTGTAATTGTTTTGAAAGATGTAGACTTGAAGAAACTGCTTATTGATGGGTTATTGGGTACAGAATACATGGGTTTTAAAGTATTCTTTACATTGAGTTTCGTATTAGCAAGTTTAAATGCTAACAAATGAGCAAGACAAATGACCAGATATAAACGAGGGTTATATTCTTTCGTTTTATACTTTTTTATTTTTGGTATTTCATTTATCCTATACAGTAAATATACATAGGGCTAAGGAAGAAAAAAAAATCAC"

文字列長はnchar()で確認できます

> nchar(as.character(x[[7]]))
[1] 2780