Bioinformatics on Windows の一部の https://github.com/xied75/samtools をビルドしてみる。
git clone https://github.com/xied75/samtools.git
まず、git がなかったので、http://git-scm.com/download/win からインストール。ついでに、PowerShellの準備もする。http://haacked.com/archive/2011/12/13/better-git-with-powershell.aspx/
PS C:\test> git clone https://github.com/xied75/samtools.git
Cloning into 'samtools'...
remote: Counting objects: 1472, done.
remote: Compressing objects: 100% (671/671), done.
remote: Total 1472 (delta 791), reused 1472 (delta 791)
Receiving objects: 100% (1472/1472), 2.19 MiB | 424.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (791/791), done.
Checking connectivity... done.
VisualStudio のプロジェクトを作る。
FILE->New->Project From Existing Code
からsamtools directoryを指定。
ConsoleApplication を選択。それ以外はウィザードに言われるがまま。
とりあえず、Buildを押すと、エラーがたくさん出る。
びっくりしながら一つずつ片づける。
Error 14 error C1083: Cannot open include file: 'zlib.h': No such file or directory
Header Files には zlib.h があるのに、コンパイラが見つけられないらしい。
ソリューションエクスプローラのsamtools プロジェクトを右クリック、properties->Configuration Properties->VC++ Directories->Include Directoriesで、zlibフォルダを追加する。
再び、F5.
Error 27 error C1083: Cannot open include file: '..\samtools-0.1.18\glibc_win64_flat\getopt.h': No such file or directory
今回はフォルダ名がsamtoolsなのでエラーが出ている。#include "glibc_win64_flat\getopt.h" にしてしまう。
再び、Build. だいぶ、エラーが減った。
Error 15 error C2011: 'drand48_data' : 'struct' type redefinition
うーん、なんでだろう。redefinition になっているらしい。
なぜか、include guardが抜けているので、#ifndef _STDLIB_H の下に、#define _STDLIB_H を入れる。
さらに、Build.
Error 152 error C2065: 'M_LN10' : undeclared identifier
Error 153 error C2065: 'M_LN2' : undeclared identifier
Error 11 error C2065: 'M_SQRT2' : undeclared identifier
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/4hwaceh6.aspx いわく、これらのMathConstsを使うには、#include の前に、#define _USE_MATH_DEFINES を書く必要あり。
残りのエラーはひとつ！
Error 198 error C2065: 'O_BINARY' : undeclared identifier
#define <fcntl.h> を追加。
Build!
エラーが増えました。
Error 384 error LNK2001: unresolved external symbol _gzclose
Error 367 error LNK2001: unresolved external symbol _gzdopen
Linker Tools Error LNK2001 を読むと、リンク時に.objか.libが足りなくて、_gzcloseが見つからなかったということらしい。
少し混乱したので、.obj, .lib, .dllについて整理する。
オブジェクトファイル (.obj)
wiki より オブジェクトファイル
オブジェクトファイルにはオブジェクトコードだけでなく、リンカが実行ファイルやライブラリを作成するときに使用するリロケーション情報、プログラム内のシンボル情報、デバッグ情報などが含まれる。
ダイナミックリンクライブラリ
wiki より ダイナミックリンクライブラリ
動的リンクを使ったライブラリのこと。
さらに、●Win32API(Ｃ言語)編 第５７章 ダイナミックリンクライブラリ（DLL)を読むと、dllとセットでインポートライブラリ(.lib)という、dllに含まれる関数の情報があるらしいです。静的リンクライブラリ(.lib)と紛らわしい。
インポートライブラリはdllを利用するプロジェクトのビルド時に使われるらしい。
DLLに関連して、モジュール定義ファイル(.def)というものがあり、DLLを作成するときに、このファイルをつかって、DLLプロジェクト内のどの関数を公開するか指定できるらしい。def ファイルの使用 defファイルは、DLLの利用時には関係ない。
DLLファイルがあれば、.def を経由して、インポートライブラリ(.lib)を生成することも可能らしい。.libの生成
静的リンクライブラリ (.lib)
スタティックリンクライブラリ
中身まで確認できてませんが、オブジェクトファイルの集合ということらしいです。
さて、ということなので、上のエラーで言っている、.objまたは.libがない、の.libは静的リンクライブラリのことなんだろう。
samtools\zlib\Debug\zlibstat.lib
にそれっぽい、static link library (SLL)があるので、リンクしてみる。
Project->Properties->Configuration Properties->Linker->General->Additional Library Directories に samtools\zlib\Debug を追加する。
Project->Properties->Configuration Properties->Linker->Input->Additional Dependencies にzlibstat.lib を追加。
Build again. あれ、変わらない。
よくわからないので、さきに
error LNK2005: _main already defined in bamtk.obj
を直す。複数mainが定義されているので、bamtk.c だけ残す。
Error 376 error LNK2019: unresolved external symbol __imp__closesocket@4 referenced in function _knet_close
なんだろう。検索してみると ソケット関連の関数を使うためには、Ws2_32.lib をリンクする必要があるらしい。Linker->InputにWs2_32.libを追記する。
残ったのは、先ほどの、zlibのリンクの問題。
ここで止まってますが、誰かの役に立つかもしれないので公開しておきます。