C++のpairを使って、x軸の配列とy軸の配列をセットにして処理してる先輩を見ると、あー、カッコイイなー、なんて思ってたんですけど、pythonにもzipという関数がありました。
知らなかっ
zip
x = [1, 2, 3]
y = [4, 5, 6]
z = zip(x, y)
これで、zには[(1, 4), (2, 5), (3, 6)]が代入されているはず！
z
<zip object at 0x104d232c8>
あれ？
ぐぐったら、zipの返却値が、python2ではlistだったものが、python3ではイテレータに変更になったらしいです（2to3を使ってコードをPython 3に移植する）。
zip2list
list(z) # [(1, 4), (2, 5), (3, 6)]
できた！
PHPにも同じものがないか探してみたんですけど、Zipに圧縮する関数とかしか出てこなかったので、なさ気です。
コメントで、array_map()を使うとできるということを教えていただきました。knoguchiさん、ありがとうございます！
というわけで、書いてみました（コメントと同じコードですけど）。
array_map
$x = [1,2,3];
$y = [4,5,6];
$set = array_map(NULL, $x, $y);
var_dump($set);
/*
array(3) {
[0]=>
array(2) {
[0]=>
int(1)
[1]=>
int(4)
}
[1]=>
array(2) {
[0]=>
int(2)
[1]=>
int(5)
}
[2]=>
array(2) {
[0]=>
int(3)
[1]=>
int(6)
}
}
*/
まだまだPHP使いこなせてないなぁ・・。