<base href="http://localhost/mysite/">
みたいにしておくと、htmlの階層が違っても、cssとか画像とかの読み込みを同じ相対パスで書けるのでとても便利なのだが、
この状態でjavascript内に
location.href = "members/list.php";
というようなパス付きの情報を書きこむとこれがIEとFireFoxで挙動が異なるんだ。
FireFoxの場合はbase hrefを反映するがIEは反映しないので、違うパスに飛んでいってしまう。
ということで、
var base_href = $('base').attr('href');
location.href = base_href + "members/list.php";
として使うと良いかもしれない。