Visualforce Developers Guideのapex:inputの項目にplaceholderやautofocusなどのHTML5で用意されている属性についての記載は載っていませんが、html-placeholderやhtml-autofocusのように"html-"をつけてあげることで使用することができます。
<apex:input type="text" value="{!userName}"styleClass="form-control" html-placeholder="Email" required="true" html-autofocus="false" />