(2016/07/16追記) エラーが出る場合
brew link --force libxml2
(2014/11/12更新) Mavericksかつ1.6.4.1の場合に修正。手順が変わっています。
Command Line Toolsをインストール
XCodeをアップデートした場合はCommand Line Toolsを再度インストールする必要があるかもしれません。"Xcode" - "Open Developer Tool"よりdmgをダウンロードしてインストール。
必要なライブラリを入れる
brew tap homebrew/dupes
brew install libiconv
brew install libxml2
システムのライブラリを使うよう指定してインストール
bundle config build.nokogiri --use-system-libraries
bundle install