AWSCLIでdescribe-instancesする時は--output textを指定するといいです

awscliのデフォルトの出力形式はJSONなので、そのままだとjqなどのJSONパーサを使わないと他コマンドでの転用が厳しいですが、--output textを使うといい感じに整形してくれます。

例えば

aws ec2 describe-instances --filter "Name=tag:Name,Values=YourInstanceName" --query "Reservations[].Instances[].InstanceId"

のようにすると、[["YourInstanceId"]]のように、JSON形式で返ってきてしまうので

aws ec2 describe-instances --filter "Name=tag:Name,Values=YourInstanceName" --query "Reservations[].Instances[].InstanceId" --output text

のように、--output textを付け加えると、YourInstanceIdのようにブラケットやダブルクォーテーションが外れた状態で戻ってきます。

それだけです。