texでファイルを管理する方法を示します。
メインのソースファイルには\input{ファイルパス}を記述します。
report.tex
\documentclass[a4j]{jarticle}
\title{レポート}
\author{著者}
\date{2016/05/22}
\begin{document}
\maketitle
\input{./目的.tex} %目的の章です。
\input{./原理.tex} %原理の章です。
\input{./方法.tex} %方法の章です。
\input{./結果.tex} %結果の章です。
\input{./考察.tex} %考察の章です。
\end{document}
呼び出される側は以下のように書きます。
目的.tex
\section{目的}
目的です。
\documentclassなどは書けません。
メインのソースファイルの部分にそのまま挿入されるような感じになります。
(内部の処理はわかりませんが。)