題記の通り、公式ドキュメントに書かれてるHibernateの3.6.9ではなく、4.3.x系を突っ込むとこんな感じのエラーが出ます。
Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: javax.persistence.Table.indexes()[Ljavax/persistence/Index;
at org.hibernate.cfg.annotations.EntityBinder.processComplementaryTableDefinitions(EntityBinder.java:973)
at org.hibernate.cfg.AnnotationBinder.bindClass(AnnotationBinder.java:824)
at org.hibernate.cfg.Configuration$MetadataSourceQueue.processAnnotatedClassesQueue(Configuration.java:3845)
at org.hibernate.cfg.Configuration$MetadataSourceQueue.processMetadata(Configuration.java:3799)
at org.hibernate.cfg.Configuration.secondPassCompile(Configuration.java:1412)
at org.hibernate.cfg.Configuration.buildSessionFactory(Configuration.java:1846)
at org.hibernate.jpa.boot.internal.EntityManagerFactoryBuilderImpl$4.perform(EntityManagerFactoryBuilderImpl.java:852)
at org.hibernate.jpa.boot.internal.EntityManagerFactoryBuilderImpl$4.perform(EntityManagerFactoryBuilderImpl.java:845)
at org.hibernate.boot.registry.classloading.internal.ClassLoaderServiceImpl.withTccl(ClassLoaderServiceImpl.java:398)
at org.hibernate.jpa.boot.internal.EntityManagerFactoryBuilderImpl.build(EntityManagerFactoryBuilderImpl.java:844)
at org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider.createEntityManagerFactory(HibernatePersistenceProvider.java:75)
at org.hibernate.ejb.HibernatePersistence.createEntityManagerFactory(HibernatePersistence.java:54)
at javax.persistence.Persistence.createEntityManagerFactory(Persistence.java:63)
at javax.persistence.Persistence.createEntityManagerFactory(Persistence.java:47)
詳しいことは上記エラーメッセージでぐぐってほしいんですが、play2さんのjavaJpaライブラリ指定の中に依存関係で入ってるhibernate-jpa-apiがJPA2.0系で、Hibernate最新版のJPA2.1系とあってないのが原因で怒られちゃう感じらしいです。(ちなみに一年前くらいからこんな感じ)
いつになったら治るのかはわかんないですけど、とりあえず
build.sbt
// javaJpa,
javaJpa.exclude("org.hibernate.javax.persistence", "hibernate-jpa-2.0-api"),
"org.hibernate" % "hibernate-entitymanager" % "4.3.8.Final",
"mysql" % "mysql-connector-java" % "5.1.34",
っていう感じにexclude指定してあげると、 hibernate-jpa-2.0-api-1.0.1.Final.jar になってたのがきちんと hibernate-jpa-2.1-api-1.0.0.Final.jar に差し替わって、無事動きます。
まあ、素直に公式ドキュメントで指定されてる3.6.9.Final使えってことなのかもしれないですが…
ご参考までに。