Xcode は 5 からなのか Mavericks からなのか、足りない Command Line Tools をアプリケーション設定からインストールすることができなくなったようで、
https://developer.apple.com/downloads/index.action (要ログイン)
から取得しないといけないのか何なのか。と思いきや、Homebrew の問題分析ツールをよく見ると...
$ brew doctor
...
Warning: No developer tools installed.
You should install the Command Line Tools.
Run `xcode-select --install` to install them.
これですね。ここにもそのように: MavericksでCommand Line Developer Toolsをインストールする方法が変更 | Act as Professional - hiroki.jp
xcode-select -h ではこのオプション出てこなくて man xcode-select には書いてあるという意地悪な仕様がたまりませんな。