review-epubmakerはversion 1.1から実験的にEPUB3をサポートしてみました。
review-epubmakerでEPUB3を出力するには、引数に指定する設定用YAMLファイルのepubversionプロパティとhtmlversionプロパティを指定します。
epubversion: 3
htmlversion: 5
本当はepubversionを3にするとhtmlversionは（今のところ）自動的に5になるのですが、念のため両方指定しておくのがおすすめです。
なお、言うまでもなくCSSはEPUB3的に正しくなるように適切な内容を記述して下さい。それっぽいスタイルを自動的に指定してくれるわけではありません。
もっとも、EPUB3版はまだあまり試していないので、変わった記法を使うと変なことが起こるかもしれません。epubcheckでエラーになったり、何かおかしいタグが吐かれる、といった場合には http://github.com/kmuto/review までご報告下さい。よろしくお願いします。