今日この頃よく論文とかを書く都合，いい加減，点丸派からカンマドット派に乗り換えようと思いました．動作環境は Debian jessie/sid, uim-anthy 1:1.8.6-4 です．
調べると，$HOME/.uim にほげほげを記述せよとかそういうことを言っている人が出てきますが，これは古いスタイルの設定ファイルです．この設定ファイルを作成すると，新しいスタイルの設定ディレクトリ $HOME/.uim.d が有効でなくなるようです．設定ディレクトリは，GUI で uim-anthy の設定内容を変更できる uim-pref-gtk で使われるので，こちらの方が便利でしょう．
ということで，uim-pref-gtk で句読点をカンマドットに変えればいい訳なんですが，設定項目が多すぎて見つけづらいです（というか，実際 .uim.d の中を眺めてようやく見つけました）．結論を言うと，「ローマ字 - かな変換」の「対応規則の種類」で， カスタム を選択します．
あとはこのカスタム対応規則から，句読点のルールを編集します．
ちなみに，設定ディレクトリの方を直接いじる場合，$HOME/.uim.d/customs/custom-ja-rk-rule.scm を編集すればいいです．