$text = 'a
b
c
d
f
';
といった空白行まじりの改行テキストを次の処理にかけると
$array = explode("\n", $text); // とりあえず行に分割
$array = array_map('trim', $array); // 各行にtrim()をかける
$array = array_filter($array, 'strlen'); // 文字数が0の行を取り除く
$array = array_values($array); // これはキーを連番に振りなおしてるだけ
空白行を取り除いたキレイな配列になる
array(5) {
  [0]=>
  string(1) "a"
  [1]=>
  string(1) "b"
  [2]=>
  string(1) "c"
  [3]=>
  string(1) "d"
  [4]=>
  string(1) "f"
}
