$text = 'a
b
c
d
f
';
といった空白行まじりの改行テキストを次の処理にかけると
$array = explode("\n", $text); // とりあえず行に分割
$array = array_map('trim', $array); // 各行にtrim()をかける
$array = array_filter($array, 'strlen'); // 文字数が0の行を取り除く
$array = array_values($array); // これはキーを連番に振りなおしてるだけ
空白行を取り除いたキレイな配列になる
array(5) {
[0]=>
string(1) "a"
[1]=>
string(1) "b"
[2]=>
string(1) "c"
[3]=>
string(1) "d"
[4]=>
string(1) "f"
}