2014/11/18 iOS8.1.1追記

この現象は無事修正されてました。万歳！

<meta name="apple-mobile-web-app-capable" content="yes" />
<meta name="apple-mobile-web-app-status-bar-style" content="default" />

のように記述したウェブサイトを、ホーム画面に追加し、そのアイコンから起動するとフルスクリーンモード（正式な名称は何て言うんだろう・・・）で起動できます。

このアイコンから起動した後、一度スリープにし、そして復帰させると、setTimeout/setIntervalが動かなくなります。
動かしている途中だったものも、新しく呼び出したものも全て動かなくなりました。

参考

Home Screen Apps Lose Timing Functions After Lock/Wake