RealmObjectから継承したクラス内で、ゲッター、セッターと認識出来る関数名があったとき、それに対応したメンバ変数が存在しないと、そこでアノテーションの処理が終了してしまうようです。
例えば、
class User extends RealmObject{
...
public boolean isCoach(){
return true
}
のようなものがあって、
private boolean coach
と宣言されていなかった場合、実行時に
Could not find the copyOrUpdate() method in generated proxy class for io.realm.UserRealmProxy: Annotation processor may not have been executed.
のようなエラーが出ます。
発生する場合、ビルド時のgradleのメッセージに警告が出るのですが、ビルドは止まりませんでした。