CococaPods 0.38.1のバグらしい
http://stackoverflow.com/questions/10715211/cannot-generate-ios-app-archive-in-xcode/31645306#31645306
調べてみるとたしかに。
0.38.2ではなおってるようなので、
バージョン上げる
$ pod --version
0.38.1
$ gem uninstall cocoapods --version '=0.38.1'
Successfully uninstalled cocoapods-0.38.1
$ gem install -v 0.38.2 cocoapods
Successfully installed cocoapods-0.38.2
$ pod --version
0.38.2
バージョンあげた後、再度 pod install
いつものiOS Appsに入って、問題なくSubmitできるようになった。
Provisioning Profileまわりを疑って、時間かかった。