OpenFOAMをデバッグモードでコンパイルする（Ubuntu 14.04 LTS）

参考リンク

OpenFOAM wiki : How to debugging
Debugging OpenFOAM implementation
Debugging OpenFOAM implementation with GDB

説明

コンパイル方法

OpenFOAM wikiの手順に従えば簡単にOpenFOAMをDebugモードでコンパイルできます。簡単に手順を書くと

1. wmake用の環境変数WM_COMPILE_OPTIONをOptからDebugに変更する。

   export WM_COMPILE_OPTION=Debug
   source ~/.profile
   

   OpenFOAMの環境変数は$WM_PROJECT_DIR/etc/bashrcに設定されていますので、etc/bashrcを直接変更すれば以後その設定がデフォルトとなります。

   $WM_PROJECT_DIR/etc/bashrc

   # WM_COMPILE_OPTION = Opt | Debug | Prof
   : ${WM_COMPILE_OPTION:=Opt}; export WM_COMPILE_OPTION    //  <--このOptをDebugに書き換える
   

2. $WM_PROJECT_DIR/ThirdParty/AllMakeを実行する。

   cd $WM_PROJECT_DIR/ThirdParty/
   ./AllMake
   

3. $WM_PROJECT_DIR/Allwmakeを実行する。

   cd $WM_PROJECT_DIR
   ./Allwmake
   

$WM_PROJECT_DIRはOpenFOAMがインストールされているディレクトリで、OpenFOAM wikiの手順に従ってインストールしていれば、環境変数として使えるようになっています。

printenv WM_PROJECT_DIR

とターミナルで実行すれば確認できます。もし使えなかったら、bashを使用している場合は$HOME/.bashrcを開き、

$HOME/.bashrc

source $HOME/foam/foam-extend-3.2/etc/bashrc

の一行があるかどうか確認してください。（foam-extend-3.2をインストールしている場合を書いています。他のバージョンの場合はetcより上のパスが異なるだけです。）OpenFOAM wikiのインストール手順に沿っていればこの一行が入っており、OpenFOAMの環境変数が使えるようになっています。

デバッグ方法

まず$WM_COMPILE_OPTION=Debugとなっていることを確認してください。デバッグ対象であるアプリケーションについても、念のため、デバッグモードでコンパイルされた方の実行ファイルが呼び出されるか、次のコマンドで確認してください。

which <application>

例えばicoFoamの場合は

which icoFoam

となります。linux64GccDPOptではなくlinux64GccDPDebugディレクトリの実行ファイルが表示されれば問題ありません。

非並列計算の場合

ケースディレクトリにおいて通常通りの手順で実行すると、デバッグモードでコンパイルされたアプリケーションが呼ばれ計算が行われます。coreファイルを出力したい場合はターミナルで

ulimit -c unlimited

と打ち込んでからアプリケーションを実行してください。

並列計算の場合

gdbをデバッガーとして使う場合はOpenFOAM wiki : How to debugging, 4.2.1 mpirunDebugからシェルスクリプトmpirunDebugをダウンロードして解凍し、ケースのルートフォルダに保存してください

cd <caseDir>
wget "https://openfoamwiki.net/images/2/25/MpirunDebug.tar.gz"
tar -xzvf MpirunDebug.tar.gz

ケースのルートフォルダで

mpirunDebug -np <nProcess> <application> -parallel

とすればデバッグモードで並列計算が始まります。ただし、上記mpirunDebugを使用するとプログラムが自動的に開始されbreakpointの設定ができません。breakpointの設定をしたい場合は下記のようにmpirunへ引数を付けて実行してください。（ただしOpenMPI・Linux等の環境によって変わりますのであくまで参考ということで）

mpirun -np <nProcess> xterm -e gdb --args <application> -parallel

DebugSwitchの設定方法

OpenFOAMの各クラスにはデバッグに必要な情報を出力するためのDebugSwitchというものが設定されています。例えばfunctionObjectsの一つであるfieldAverageのソースコードを見てください。
OpenFOAM C++ Documentation: fieldAverage.C
OpenFOAM C++ Documentation: fieldAverage.H

fieldAverage.C

...
32 // * * * * * * * * * * * * * * Static Data Members * * * * * * * * * * * * * //
33 
34 namespace Foam
35 {
36     defineTypeNameAndDebug(fieldAverage, 0);
37 }
...

fieldAverage.H

...
285 public:
286 
287     //- Runtime type information
288     TypeName("fieldAverage");
...

defineTypeNameAndDebug(Type, DebugSwitch)はマクロ定義で、
OpenFOAM C++ Documentation: className.H
OpenFOAM C++ Documentation: defineDebugSwitch.H
を参照すると

className.H

86 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
87 // Definitions (without debug information)
88 
89 //- Define the typeName, with alternative lookup as \a Name
90 #define defineTypeNameWithName(Type, Name) \
91     const ::Foam::word Type::typeName(Name)
92
93 //- Define the typeName
94 #define defineTypeName(Type) \
95     defineTypeNameWithName(Type, Type::typeName_())
...
115 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
116 // Definitions (with debug information)
117 
118 //- Define the typeName and debug information
119 #define defineTypeNameAndDebug(Type, DebugSwitch) \
120     defineTypeName(Type); \
121     defineDebugSwitch(Type, DebugSwitch)
...

defineDebugSwitch.H

81 //- Define the debug information, lookup as \a Name
82 #define registerDebugSwitchWithName(Type,Tag,Name) \
83     class add##Tag##ToDebug \
84     : \
85     public ::Foam::simpleRegIOobject \
86     { \
87     public: \
88         add##Tag##ToDebug(const char* name) \
89         : \
90         ::Foam::simpleRegIOobject(Foam::debug::addDebugObject, name) \
91         {} \
92         virtual ~add##Tag##ToDebug() \
93         {} \
94         virtual void readData(Foam::Istream& is) \
95         { \
96             Type::debug = readLabel(is); \
97         } \
98         virtual void writeData(Foam::Ostream& os) const \
99         { \
100            os << Type::debug; \
101        } \
102    }; \
103    add##Tag##ToDebug add##Tag##ToDebug_(Name)
104 
105 
106 //- Define the debug information, lookup as \a Name
107 #define defineDebugSwitchWithName(Type, Name, DebugSwitch) \
108     int Type::debug(::Foam::debug::debugSwitch(Name, DebugSwitch))
109 
110 //- Define the debug information
111 #define defineDebugSwitch(Type, DebugSwitch) \
112     defineDebugSwitchWithName(Type, Type::typeName_(), DebugSwitch); \
113     registerDebugSwitchWithName(Type, Type, Type::typeName_())

となっています。つまり、各クラスのヘッダーファイルに定義されているTypeNameの名前でDebugSwitchが作られ、デフォルトで0(=false)が与えられているということになります。

よってOpenFOAMのクラスでは、メンバ関数中にデバッグ情報を出力するコード（下記参照）を設けておくと、DebugSwitchのON/OFFを切り替えるだけでデバッグに必要な情報を自由に出力することができるようになっています。

if (debug)
{
    // Output debug information
} 

さらに、DebugSwitchを1,2,3,...とデバッグ情報レベルに応じて分けてコーディングしておけば、そのレベルに応じて出力させることが可能です。

// Debug information level = 1
if (debug == 1)
{
    ...
}
// Debug information level = 2
if (debug == 2)
{
    ...
}
// Debug information level = 3
if (debug == 3)
{
    ...
}
...

（勿論、デバッグ情報の出力が必要なくなったならば、これらの不要になったif文を消去して計算速度を上げるべきでしょう。）

DebugSwitchはケースディレクトリのsystem/controlDict内に

system/controlDict

DebugSwitches
{
    <TypeName>    <DebugSwitch>;
    ...
}

と書き込むことでON/OFFすることができます。例えば先ほどのfieldAverageクラスの場合ですと

system/controlDict

DebugSwitches
{
    fieldAverage   1;
}

となります。あるいは、$WM_PROJECT_DIR/etc/controlDict(global controlDict dictionary)内のDebugSwitchesを変更する方法もあります。

Tips

Debugモードでコンパイルされなかった場合

コンパイル中に、各ライブラリの保存されているディレクトリがlinux64GccDPDebugではなくlinux64GccDPOptと表示されている場合、DebugモードでコンパイルできていないのでCtrl+cでコンパイルを中止しましょう。ターミナルでenv | grep WMと打ち込んでwmake用の環境変数を確認してください。

もしWM_COMPILE_OPTION=Optとなっていたら$WM_PROJECT_DIR/etc/bashrcで環境変数がWM_COMPILE_OPTION:=Debugとなっていない、または$WM_PROJECT_DIR/etc/bashrcがsourceされていないので、上記の手順に従って環境変数を変更→sourceしてください。

もしWM_COMPILE_OPTION=DebugとなっているにもかかわらずDebugモードでコンパイルできなかったら、ターミナルを閉じて再起動してください。再起動したうえでもう一度AllwmakeをするとDebugモードでコンパイルができるはずです。

実際に起きたエラー

mpi.h

私は、$WM_PROJECT_DIR/ThirdParty/AllMakeをDebugモードで実行するまえに$WM_PROJECT_DIR/Allwmakeを実行してしまったので、Allwmake中にmpiに関する下記のエラーメッセージが表示されました。

wmake libso foam
db/IOstreams/Pstreams/IPread.C:29:17: fatal error: mpi.h: No such file or directory
 #include "mpi.h"

これはDebugモードでコンパイルされたmpiライブラリがないために生じたようで、$WM_PROJECT_DIR/ThridPartyをDebugモードでコンパイルしてからOpenFOAMをコンパイルするとエラーは生じませんでした。

yyFlexLexer::yywrap()

下記のエラーメッセージが出たことがありました。

/home/.../foam/foam-extend-3.2/lib/linux64GccDPDebug/libmeshTools.so: undefined reference to 'yyFlexLexer::yywrap()'

これはflexのバージョンが変わってしまったことが原因のようで、ライブラリ内にある"*.L"拡張子を持つファイル内のマクロを書き換えれば大丈夫です。
https://bugs.openfoam.org/view.php?id=1974
つまり

#if YY_FLEX_SUBMINOR_VERSION < 34

を

#if YY_FLEX_SUBMINOR_VERSION < 34 && YY_FLEX_MINOR_VERSION < 6

とするだけです。