ファイル/ディレクトリ名を大文字⇆小文字変換してもgitの差分として反映されないようです。
以下、ファイル/ディレクトリ名を大文字⇆小文字変換する方法です。
ファイル名の大文字⇆小文字変換
-fオプションを追加して名前を変更します。
file.js→File.js
$ git mv -f file.js File.js
ディレクトリ名の大文字⇆小文字変換
ファイル名みたいにディレクトリ名だとgit mv -fで大文字⇆小文字変換できないので、core.ignorecaseを変更します。
※デフォルト(true)の状態だと大文字・小文字認識されない。
$ git config core.ignorecase false
これでエディタなどでディレクトリ名の大文字⇆小文字変換してもgitの差分として認識されます。