以下に「Unityで外部のバージョン管理システムを使用」とありますが、この情報が少し古い模様。
Unity 4.3.4 では、
「Edit->Project Settings->Editor で Meta files を有効化」という項目は存在せず、
Meta Fileに関しては「Hidden Meta Files」と「Show Meta Files」の選択肢が存在する。
Unityで外部のバージョン管理システムを使用
を読むと、「Meta files を有効化」するとMeta Fileを生成し、
そうでない場合はMeta Fileを生成しないように読めるが
（実際、過去のバージョンはそういう挙動だったような気がするが定かではない）
Unity 4.3.4では、 Meta Fileは必ず存在 し、「Hidden Meta Files」と「Show Meta Files」は
Meta File(*.meta)が隠し属性になるかそうでないか でしかないようだ。