/etc/sysconfig/iptables を直接変更してルールを記述したら、service iptables save で設定を保存するのを忘れずに。
/etc/sysconfig/iptables に設定を書いて、service iptables reload すると、ルールが反映される。
$ sudo vim /etc/sysconfig/iptables
$ sudo service iptables reload
$ sudo iptables -L
# /etc/sysconfig/iptables で記述したルール
しかし、OS 再起動時は、iptables-restore で設定を反映するので、/etc/sysconfig/iptables のルールが反映されない。
# OS 再起動
$ sudo iptables -L
# /etc/sysconfig/iptables が反映されない...
設定変更後は、service iptables save しておく。
$ sudo vim /etc/sysconfig/iptables
$ sudo service iptables save