railsで使わなかった物の削除で迷う

コントローラの削除
rails destroy controller <コントローラ名>

rails destroy controller users
      remove  app/controllers/users_controller.rb
      invoke  erb
      remove    app/views/users
      invoke  rspec
      remove    spec/controllers/users_controller_spec.rb
      invoke  helper
      remove    app/helpers/users_helper.rb
      invoke    rspec
      remove      spec/helpers/users_helper_spec.rb
      invoke  assets
      invoke    coffee
      remove      app/assets/javascripts/users.js.coffee
      invoke    scss
      remove      app/assets/stylesheets/users.css.scss

destroyコマンドは関連ファイルも一緒に削除してくれるので便利ですね。

モデルを削除
rails destroy model <モデル名>

rails destroy model user
      invoke  active_record
      remove    db/migrate/20150629032946_create_users.rb
      remove    app/models/user.rb
      invoke    rspec
      remove      spec/models/user_spec.rb

モデルの削除でdestroyコマンドを実行するとmigrateファイルまで削除されてしまうので、マズいです。
githubを使っているならmigrateファイルのみ戻せると思いますが、手作業で削除するのが一般的なのでしょうか？

migrationでテーブルを削除
マイグレーションファイル作成

rails generate migration < drop_table_マイグレーション名（スネークケース) >

rails generate migration drop_table_users
      invoke  active_record
      create    db/migrate/20150724114439_drop_table_users.rb

マイグレーションファイルのテーブル削除を記述

class DropTableUsers < ActiveRecord::Migration
  def change
    drop_table :users
  end
end

rake db:migrateコマンドを実行すればテーブルが削除されます。
model削除時にmigrateファイルが削除されてしまうとマズいのは、ここでせっかくテーブルを削除するmigrateファイルを作っているのに、modelのmigrateファイルを消してしまうと今度はここのmigrateファイルが宙に浮いた状態になってしまうからです。
というよりもmigrateファイルは削除しない事が大事です。
初心者以前の問題かも知れませんが、いちいち迷ってしまいました。