このエラーって何？
「同一のgemが複数バージョンでインストールされていて、システムでどれを選ぶか決めきれないよ」という警告。
解決策
システムで決めきれるようにすれば良い
方法は2つ
1. 旧バージョンのgemを削除し、選択肢を1つにする
2. 具体的なバージョンを指定する
1はやや乱暴ですが、使えるのならこちらが良いと思います。
几帳面な方や1が（権限的に）使えない方は2を使いましょう。
1.旧バージョンのgemを削除し、選択肢を1つにする
gem cleanup
これだけで良いです。
場合によってはsudo gem cleanupかもしれません。
2.具体的なバージョンを指定する
- 古いバージョンのgemを消すといろいろまずい
-
gem cleanupをするにはsudoを行う権限が必要なのに、システム上権限を持っていない（持てない） 等の場合はこちらの方法にしましょう。
step1: 何がエラーになっているかを確認する
例えばgem cleanupをした際に権限が無いとこんなエラーが返ってきます。
$ gem cleanup
Cleaning up installed gems...
Attempting to uninstall json-1.7.7
Unable to uninstall json-1.7.7:
Gem::InstallError: json is not installed in GEM_HOME, try:
gem uninstall -i /opt/rh/ruby200/root/usr/share/gems json
で、ここでtryと言われているコードを実行しても権限なくてダメです。
（そもそもsudoを行う権限は持っていません）
$ gem uninstall -i /opt/rh/ruby200/root/usr/share/gems json
ERROR: While executing gem ... (Gem::FilePermissionError)
You don't have write permissions for the /opt/rh/ruby200/root/usr/share/gems directory.
step2: gemのバージョンを確認する
$ gem list -a | grep json。
json (1.8.3, 1.7.7)
新版の1.8.3と旧版の1.7.7が混在していることがわかります。
※gem cleanupではAttempting to uninstall json-1.7.7の記述があるため、この旧版の1.7.7を削除しようとしたようです。
step3: 新しいバージョンをgemファイルに追記する
Gemfile
gem 'json', '1.8.3'
これで解決！