soxでまとまったファイルを変換したいといった状況に見舞われたので、
自分用のメモに軽く記しておこうかと……
数字の連番のファイルだったので（*000.au,*001.au,……)なので
適当なシェルスクリプトで行けるかなと思ったけど、シェルスクリプトにあまり触れてこなかったので書けなかった…（多分書くことは可能だと思います）
というわけで
http://naoh16.seesaa.net/article/26138081.html
こちらを参考にちょろっと書きなおしてみた
希望のディレクトリに移動したあとで
find *.au -exec sox {} {}.wav \;
流れとしてはfindを用いてauという拡張子を持つファイルを走査、
-execオプションで発見したファイル名に対しての操作を行うことが出来る。
あとはsoxコマンドを用いて変換するだけであり、{ }で検索結果を表すので
上記の操作では*.auから*.wavへと変換できる。